neuroConstruct 1.6.0
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Sur neuroConstruct
neuroConstruct est en cours de développement au Silver Lab du Département de neurosciences, physiologie et pharmacologie de l’UCL. neuroConstruct a été conçu pour simplifier le développement de réseaux complexes de neurones biologiquement réalistes, c’est-à-dire des modèles intégrant des morphologies dendritiques et des conductances réalistes de membrane cellulaire. Il est implémenté en Java et génère des fichiers de script pour les simulateurs NEURON et GENESIS, avec le soutien d’autres plateformes de simulation (y compris PSICS, MOOSE et PyNN) à des stades avancés de développement. Il utilise les dernières spécifications NeuroML, y compris MorphML, ChannelML et NetworkML. Le développement de ce logiciel a été rendu possible grâce au financement du Wellcome Trust, du Conseil de recherches médicales et du projet Synapse de l’UE. Voici quelques-unes des principales caractéristiques de neuroConstruct : * neuroConstruct peut importer des fichiers de morphologie dans genesis, NEURON, Neurolucida, SWC et MorphML format pour l’inclusion dans des modèles de cellule unique ou réseau, ou des cellules plus abstraites peuvent également être construits manuellement. * Création de réseaux de neurones basés sur la conductance positionnés en 3D * Des modèles de connectivité complexes entre les groupes cellulaires peuvent être spécifiés pour les réseaux * Les scripts de simulation peuvent être générés pour les simulateurs basés sur NEURON, GENESIS, MOOSE, PSICS et PyNN (ndlr : tous les projets ne peuvent pas être générés pour chaque simulateur) * Les mécanismes cellulaires biophysiquement réalistes (synapses/mécanismes de canaux) peuvent être importés à partir de fichiers de script natifs (*.mod ou *.g) ou créés à partir de modèles utilisant ChannelML * Génération automatique de code pour enregistrer des données de simulation et visualisation/analyse des données en neuroConstruction * Les séries de simulation enregistrées peuvent être visualisées et gérées via l’interface Simulation Browser * Une interface de script basée sur Python peut être utilisée pour contrôler la génération et l’exécution de modèles, permettant d’exécuter plusieurs simulations pour l’optimisation des modèles cellulaires et réseau