Le projet SourceForge OpenRasMol est un complément au projet RasMol et OpenrasMol à http://rasmol.org. Il est à espérer que le projet SourceForge OpenRasMol fournira un point focal pratique pour les contributions actives collaboratives. Caractéristiques RasMol: RasMol est un programme graphique moléculaire destiné à la visualisation de protéines, d’acides nucléiques et de petites molécules. Le programme est destiné à l’affichage, l’enseignement et la génération d’images de qualité publication. RasMol fonctionne sur un large éventail d’architectures et de systèmes d’exploitation, y compris Microsoft Windows, Apple Macintosh, UNIX et VMS systèmes. Les versions UNIX et VMS nécessitent un écran X Windows couleur 8, 24 ou 32 bits (X11R4 ou plus tard). La version X Windows de RasMol fournit une prise en charge optionnelle pour une boîte de cadrans matériels et une communication mémoire partagée accélérée (via les extensions XInput et MIT-SHM) si disponible sur le serveur X actuel. Le programme se lit dans un fichier de coordonnées molécules et affiche interactivement la molécule à l’écran dans une variété de schémas de couleurs et de représentations de molécules. Les représentations actuellement disponibles comprennent des cadres métalliques remplis de profondeur, des bâtons de dreiding, des sphères de remplissage de l’espace (CPK), des billes et des bâtons, des rubans biomoléculaires solides et brins, des étiquettes atomiques et des surfaces à points. La version X Windows de RasMol fournit une prise en charge optionnelle pour une boîte de cadrans matériels et une communication mémoire partagée accélérée (via les extensions XInput et MIT-SHM) si disponible sur le serveur X actuel. Le programme se lit dans les fichiers de coordonnées moléculaires et affiche interactivement la molécule à l’écran dans une variété de représentations et de palettes de couleurs. Les formats de fichiers d’entrée pris en charge incluent les formats Protein Data Bank (PDB), Tripos Associates' Alchemy et Sybyl Mol2, le format de fichier Mol de Molecular Design Limited (MDL), le format XYZ (XMol) du Minnesota Supercomputer Center (MSC), le format CHARMm, le format CIF et les fichiers format mmCIF. Si les informations de connectivité ne sont pas contenues dans le fichier, elles sont calculées automatiquement. La molécule chargée peut être montrée sous forme de liaisons wireframe, de liaisons de bâton « Dreiding » du cylindre, de traces d’alpha-carbone, de sphères de remplissage de l’espace (CPK), de rubans macromoléculaires (rubans solides ombragés lisses ou de brins parallèles), de liaison hydrogène et de représentations de surface de points. Les atomes peuvent également être étiquetés avec des chaînes de texte arbitraires. D’autres conformistes et plusieurs modèles NMR peuvent être spécialement colorés et identifiés dans les étiquettes atome. Différentes parties de la molécule peuvent être représentées et colorées indépendamment du reste de la molécule ou affichées dans plusieurs représentations simultanément. La molécule affichée peut être tournée, traduite, zoomée et coupée en z (dalle) de façon interactive à l’aide de la souris, des barres de défilement, de la ligne de commande ou d’une boîte à cadran attachée. RasMol peut lire une liste préparée de commandes à partir d’un fichier « script » (ou via la communication inter-processus) pour permettre une image ou un point de vue donné d’être restauré rapidement. RasMol peut également créer un fichier de script contenant les commandes requises pour régénérer l’image actuelle. Enfin, l’image rendue peut être écrite dans une variété de formats, y compris raster ou vector PostScript, GIF, PPM, BMP, PICT, Sun rasterfile ou comme un script d’entrée MolScript ou Kinemage. L’installation d’aide RasMol peut être consultée en tapant « aide » ou « aide »
historique de la version
- Version RasMol_2.7.5 posté sur 2010-12-15
Plusieurs correctifs et mises à jour - Version RasMol_2.7.5 posté sur 2010-12-15
Détails du programme
- Catégorie: Éducation > Autres
- Éditeur: www.rasmol.org
- Licence: Gratuit
- Prix: N/A
- Version: 2.7.5
- Plate-forme: linux